Esistono alcuni fattori che condizionano la distribuzione verticale dei diversi organismi di alghe nel lago. Sulla base di questi elementi, ogni specie fitoplanctonica ha una maggiore possibilità di sopravvivere in uno specifico strato.
Luce. È certamente uno dei fattori più importanti. L'intensità luminosa entro determinati valori né troppo alti né troppo modesti è condizione indispensabile per un normale svolgimento dell'attività fotosintetica. Ogni specie di alga in grado di produrre sostanze organiche tramite il processo di fotosintesi, sulla base di sostanze inorganiche come l’anidride carbonica e l’acqua, è presente negli strati d’acqua in cui penetrano i raggi del sole. Tuttavia la radiazione ultravioletta, che viene assorbita nei primissimi strati d'acqua, risulta nociva alla maggior parte della specie algali, in quanto ne inattiva, in modo più o meno permanente, i pigmenti fotosintetici. Le normali variazioni della radiazione solare, legate alla rotazione terrestre e all’altezza massima raggiungibile dal sole sull'orizzonte in ogni giorno dell'anno, provocano spostamenti verticali dei popolamenti planctonici.
Temperatura. La temperatura è un fattore importante per la vita del fitoplancton, il quale dipende da esso in modo duplice: basse temperature tipiche di alcuni mesi o stagioni dell’anno impediscono la continuazione della vita a forme non capaci di movimento autonomo, quando le condizioni termiche dello strato di appartenenza cessano di essere tollerabili per la loro fisiologia, e implicano lo spostamento verso condizioni termiche ottimali per gli organismi che hanno capacità di movimento.
La temperatura modifica anche la densità dell’acqua con variazioni nelle possibilità di movimento e galleggiamento degli organismi che si sposteranno negli strati in cui la densità è ottimale. Nei momenti di omeotermia e di ricircolo delle acque di un lago, il popolamento planctonico si disperde nello spazio verticale del lago, mentre nei periodi di stratificazione è concentrato tra gli strati del termoclinio e dell’ipolimnio in superficie.
Vento. È questo un fattore che può avere un’importanza considerevole, soprattutto nei laghi poco profondi dove può sconvolgere una situazione di stratificazione, portando ad una omogeneizzazione di molte delle caratteristiche ambientali e dei popolamenti planctonici eventualmente prima distribuiti lungo la verticale. Venti molto forti possono provocare un accumulo sottovento, per deriva, di acque epilimniche, tale da determinare addirittura la superficializzazione dell'ipolimnio, ovvero degli strati d’acqua più profondi.
Ossigeno. Gli strati del lago in cui penetrano i raggi solari, sono caratterizzati dalla presenza di piante e di alghe che producono ossigeno tramite fotosintesi. Negli strati più profondi, in cui la fotosintesi non è possibile per la mancanza di luce, sono presenti solamente organismi consumatori di ossigeno. L’esaurimento dell’ossigeno si evidenzia nei periodi di stratificazione termica, a partire dagli strati più profondi del lago, riducendo lo spessore di acqua vivibile per questo tipo di organismi. L'effetto può essere reso ancora più evidente per la presenza di sostanze tossiche (per esempio, H2S),conseguente ad una situazione durevole di anossia. Tali fenomeni, evidenti soltanto in ambienti eutrofizzati, saranno responsabili di uno spostamento verso gli strati superiori dei popolamenti che normalmente vivono negli strati d’acqua più profondi.
Gravità. Alcuni autori attribuiscono una notevole importanza a questo fattore, nel senso che gli organismi a più basso peso specifico si rinvengono presso la superficie, e quelli a più alto nelle acque profonde. Si può supporre che ogni forma abbia selettivamente sviluppato quelle caratteristiche di maggiore o minore galleggiabilità che sono più idonee alla permanenza nello strato d'acqua che offre loro condizioni ottimali.